В недавнее время присутствие паразитов определяли только методом дуоденального зондирования и анализов фекалий с помощью микроскопических исследований, целью которых является обнаружение выделенных гельминтов или их фрагментов, яиц и личинок. Яйца и личинки гельминтов, паразитирующих в печени, желчевыводящих путях, поджелудочной железе и двенадцатиперстной кишке, обнаруживали в желчи и дуоденальном содержимом; на кишечные формы гельминтозов исследовали образцы фекалий; при подозрении на парагонимоз исследовали мокроту, на мочеполовой шистосомоз - мочу. Но достоверность этих исследований зависит от профессионализма сотрудников - заметит ли лаборант при микроскопическом исследовании паразитов. Кроме того, если паразит не отложил яиц именно в тот момент, когда производится проверка, его присутствие окажется незамеченным даже при высокой квалификации лаборанта. Зачастую лишь с 8-10 попытки можно получить положительный результат. На сегодняшний день существуют иммунологические исследования, которые позволяют определять в крови зараженного человека наличие антигенов и антител к паразитам различного рода. Достоверность таких анализов зависит от жизненного цикла паразитов и их количества в организме. Иммуноферментный анализ (ИФА) используется для определения антител (иммуноглобулинов) и антигенов (самих паразитов, продуктов их жизнедеятельности). Иммуноглобулины (вещества белковой природы) вырабатываются в организме и являются антителами к антигенам. Данный метод обладает высокой чувствительностью и специфичностью, которая составляет 90%. Основное достоинство этого метода - возможность определения вида паразитов, их количества и возможность прослеживания динамики развития процесса, на который указывает уровень антител.  ИФА тесты являются свидетелями ответной реакции организма на инвазию. При этом лабораторные тесты, выявляющие паразитов либо их личинки, цисты, яица (микроскопическое исследование биологического материала) тоже необходимы. Вместе с тем, непосредственное выявление паразита не всегда возможно в виду его тканевой локализации (трихинеллез, эхинококкоз, токсокароз) или в связи с малым числом паразитирующих особей и их концентрацией в исследуемом материале. В этих случая чувствительность ИФА тестов имеет однозначное и безусловное преимущество. В диагностике острой фазы гельминтозов и заболеваний, вызванных тканевыми гельминтами или личиночными стадиями (эхинококкозы, цистицеркоз, трихинеллез, токсокароз), широко используют и другие серологические методы (методы исследования крови) для обнаружения антигенов и антител.

• ПЦР-диагностика предлагает анализ паразитов на основе анализа ДНК. Данным методом можно выявить инвазии простейшими, вирусами, а также внутриклеточных паразитов (например, хламидий, паразитирующих в трихомонаде). Но этот метод не позволяет выявить степени тяжести инвазии - количества паразитов в организме.